PERKENI merupakan organisasi seminat berbadan hukum bersifat otonom, di dalam organisasi profesi Ikatan Dokter Indonesia (IDI), yang menjunjung tinggi sumpah dokter dan kode etik Kedokteran Indonesia. PERKENI merupakan organisasi dibidang klinik, penunjang klinik, okupasi dan ilmu kedokteran dasar yang berminat di bidang endokrinologi.

PERKENI memiliki hubungan yang bersifat horizontal dengan perhimpunan seminat lainnya dalam lingkungan IDI, dijalankan secara komunikatif, koordinatif serta diatur secara kekeluargaan.